L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. A sa naissance il a été choisi par le quatrième Hokage pour devenir l'hôte qui abriterait l'esprit du légendaire démon renard à 9 queues, Kyûbi, ce qui attisa la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il est alors inclus dans une équipe de trois apprentis ninjas, avec Sakura Haruno et le talentueux Sasuke Uchiha. Peu après, ils rencontrent leur jōnin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.

Au début craint et méprisé par ses pairs, il va peu à peu monter en puissance et gagner le respect et l'affection des villageois grâce notamment aux combats dantesques qu'il remportera face aux ennemis les plus puissants de Konoha.

On se retrouve plusieurs années après la fin de Naruto, Naruto gaiden est la transition entre Naruto et Boruto, il permet de bien comprendre la complexité du lien paternel entre Naruto et son fils. En effet naruto étant devenu Hokage n'a pas le temps de s'occuper de sa famille et se permet même d'envoyer des clones pour l'anniversaire de son fils. Sasuke n'est pas mieux, il ne s'occupe pas du tout de sa fille, Sarada, toujours en mission secrete. Un dernier personnage apparaîtra à la fin de Naruto gaiden, Mitsuki, on peut le considérer comme le fils de Orochimaru, sa création serait plus exacte. Ainsi dans la tradition de naruto, une équipe d'une nouvelle génération va se former. Naruto Gaiden explique la formation de cette équipe.